2009年4月23日，台州市人民政府与浙江长三角研究院在北京签订合作框架协议。

2010年6月28日，在台州正式成立清华研究院台州联络处。

2014年12月24日，台州市人民政府与浙江长三角研究院举行合作会商，商议以互利共赢为原则，共同组建清华台州创新中心。

2015年11月20日，台州市人民政府与浙江长三角研究院举行合作共建台州创新中心签约仪式。

2016年4月13日，台州市机构编制委员会下发《关于建立浙江清华长三角研究 院台州创新中心的通知》的文件。

2016年5月17日，中心完成了事业法人机构注册登记。

2016年9月29日，举办“浙江清华长三角研究院台州创新中心揭牌仪式”。

2017年7月31日，台州民营经济学院成立。

2017年8月16日，台州“薪火传承”服务中心成立。

2017年10月9日，清华台州创新中心孵化器被浙江省科技部认定为省级科技企业孵化器（专业型）。

2018年9月18日，中心与玉环市人民政府签订框架协议，共建水暖阀门产业创新服务综合体。

2019年2月1日，玉环水暖阀门产业创新服务综合体被列入“浙江省第二批省级产业创新服务综合体名录”。

2019年5月16日，设立台州·北京飞地孵化器。

2019年7月30日，台州创新中心辖属的浙江清华长三角研究院航空通用技术研究所成立。

2019年9月，设立台州·西雅图海纳孵化器。

2019年11月11日，台州创新中心下属的浙江省玉环水暖阀门产业创新服务综合体启用。

2019年12月23日，清华台州创新中心孵化器被国家科技部认定为国家级科技企业孵化器。

2020年4月，智联阀门产业互联网平台上线。

2020年9月，“玉商学堂”成立。

2021年11月，智能技术应用实验室建立。

2020年12月7日，玉环基地小山外数智孵化园启用。